20. březen nebyl pro Jana z Pomuku šťastný den. V Johanitské komendě na pražské malé straně došlo k ostrému sporu mezi králem Václavem IV. a arcibiskupem Janem z Jenštejna. Šlo o to, že arcibiskup potvrdil za zády krále Kladrubského opata a zamezil tak vzniku západočeského biskupství, které mělo konkurovat pražskému. Původní spolehlivý rádce krále Jenštejn, se po uzdravení z moru změnil. Začal si stěžovat do Říma papeži. V té době byli papežové dva. Král Václav IV. rozhodně nebyl kliďas a bylo veřejným tajemstvím, že holdoval alkoholu.
Spor v Johanitské komendě vrcholil. Jan z Jenštejna prchá a na místě zůstávají tři kněží a jeden laik z arcibiskupova doprovodu. Na pražském Hradě jsou podrobeni výslechu. Nakonec zbylí tři kněží mezi nimi i Jan z Pomuku, skončili na Staré rychtě (roh ulic Rytířská a Na můstku v Praze). Čekalo se do večera, bude-li snad zajat arcibiskup Jenštejn. Ten mezitím opustil Prahu. Zajatci byli těžce mučeni i v přítomnosti opilého krále. Žádný z nich však nebyl zasvěcen do Jenštejnových politických intrik a záležitostí. Výslech na mučidlech k ničemu nevedl a trýznitel své oběti Probšta Knoblocha a oficiála Puchtíka propustil. Museli před narychlo sehnaným notářem složit přísahu, že nic neprozradí. Jan z Pomuku – generální vikář, přísahat nemohl. Z mučidel byl sňat v hlubokém bezvědomí a záhy zemřel. Měl zlomeninu spodiny lebeční a vykloubené obě paže. Bylo mu mezi 45-50 lety. Byl vysoký 169 cm. Za života se těšil celkem dobrému zdraví, byl to velmi vzdělaný muž, studoval na univerzitě v Padově. Zastával vysoké úřednické církevní posty, byl loajální a měl v Praze dům. Zpovědníkem české královny Žofie nikdy nebyl. Královi pacholci hodili ostatky Jana z Pomuku v devět hodin v noci tentýž den z mostu (dnešní Karlův) do Vltavy. Za měsíc bylo nalezeno jeho tělo a kněz byl uložen do neznámého hrobu. Do katedrály Sv. Víta byl pietně uložen mezi roky 1396-1416. Legenda o zpovědním tajemství se objevila až 60 let po jeho skonu. Úctu ke generálnímu vikáři rozvinul rakouský kronikář Thomas Ebendorfer z Haselbachu kolem roku 1450 legendou, že se Jan z Pomuku, zpovědník královny zdráhal porušil zpovědní tajemství a král Václav IV. ho dal utopit ve Vltavě. Tak stál rakouský kronikář u zrodu legendy, která vyvrcholila v 18. Století přijetím Jana z Pomuku (Nepomuku) mezi svaté katolické církve. Ve skutečnosti se stal bezděčnou a nezamýšlenou obětí mocenského zápasu krále a arcibiskupa. Úctu si jistě zasluhuje.
Socha našeho světce měla vždy výsadní postavení na mostech, nad sochou v kněžském rouchu se vznášelo pět hvězd a takto byl vždy zobrazován. Ve všech třech zemích mu byl připisován také ochranitelský význam – např. před povodněmi. Rekonstrukcím a rozšiřováním mostů, však musel světec ustoupit na jiná místa, shledáváme, že stále významná. Jsou jimi Veselí nad Lužnicí (náměstí T.G.M.), Tábor (zasedací místnost starosty města), Rohrbach (farní náměstí).
